In Command and Conquer werden sich die einzelnen Fraktionen nicht nur durch ihre Einheiten und Build-Orders unterscheiden sondern auch verschiedenartige Upgrade- und Bausysteme nutzen. Es wird, wie im klassischen Generäle ein „Arbeiter“-Bausystem geben, das heisst eine Baueinheit muss gewählt werden um ein bestimmtes Gebäude auf der Karte zu platzieren. Die Einheit wird dann zum Zielpunkt fahren und das Gebäude innerhalb einer bestimmten Zeit errichten.
Europäische Union
Bausystem
Die Europäische Union wird mit Bulldozern ein Bausystem verwenden, welches dem der USA bzw. Chinas im klassischen Generäle gleicht. Im Gegensatz zum Vorgänger wird die EU jedoch Gebäude nur im Einzugsbereich ihrer Kraftwerke errichten können. Der Strom, der Kraftwerke ist die Messgröße, die den effektiv bebaubaren Radius der EU-Basis beschränkt.
Upgradesystem
Die EU verwendet für die Erforschung von Upgrades im Gegensatz zu ihren Konkurrenten mehrere verschiedene Upgrade-Forschungslabore, welche die Technologie für die Armee global zur Verfügung stellen.
Asien-Pazifik-Allianz
Bausystem
Die Asien-Pazifik-Allianz wird als Nachfolgefraktion der Chinesen beim bewährten Bulldozersystem aus C&C Generäle bleiben. Der Strom der Allianz ist eine linear wachsende Größe, deren Ausprägung die Versorgung der Gebäude der Fraktion global sichert. Ist das Stromnetz überlastet fallen alle stromverbrauchenden Gebäude aus bis die Stromversorgung wiederhergestellt wurde.
Upgradesystem
Die Upgrades der Asien Pazifik Allianz werden zentral in der Kommandozentrale erforscht und global für die gesamte Armee verwaltet.
Globale Befreiungsarmee
Bausystem
Die Globale Befreiungsarmee verwendet zum Bau ihrer Gebäude das bekannte Arbeitersystem. Arbeiter können neben dem Bau von Gebäuden außerdem zum Abbau von Ressourcen aus Versorgungsdepots verwendet werden. Die GBA wird nach wie vor keinerlei Stromproduktion benötigen.
Upgradesystem
Die GBA versorgt ihre Einheiten mit Upgrades, die pro Produktionsgebäude erforscht werden. So besitzen Fahrzeuge aus einer Waffenfabrik mit Toxinupgrade besondere Giftwaffen. Für die Spezialisierung der Produktionsgebäude stehen der GBA mehrere verschiedene Möglichkeiten zu Verfügung, so kann eine GBA Armee durchaus aus Fahrzeugen oder Infanteristen verschiedenster Spezialisierungen bestehen.