Im Add-on Kanes Rache sind zusätzlich zu den Hauptfraktionen jeweils noch zwei weitere Unterfraktionen zu diesen Gruppen hinzugekommen, welche neue Einheiten und teilweise auch neue Gebäude bringen.
Steel Talons
Die Steel Talons sind eine Unterfraktion der Global Defense Inititative. Wie das Logo schon vermuten lässt, ist diese Gruppierung ein Überbleibsel aus dem zweiten Tiberium Krieg. Die Steel Talons stehen unter dem Kommando von Joshua „Mitch“ Mitchell, welcher sich als einer von wenigen GDI Offizieren gegen die Abrüstungsvorhaben der GDI stellte. Er sah in der Bruderschaft von Nod nach wie vor eine ernst zu nehmende Bedrohung und setzte sich schlussendlich durch. Die Steel Talons bauen auf schweres Gerät und setzen lieber auf geballte Feuerkraft als auf experimentelle Technologien. So befinden sich zum Beispiel die, aus dem zweiten Tiberium Krieg bekannten, Walker wie der Titan und der Werwolf im Dienst der Steel Talons.
ZOCOM
Das Zone Operations Command wird von C. Elena Renteria angeführt, eine der ersten Frauen bei der GDI, die es zum Rang eines Generals brachten. Sie stammt aus Mexiko, wo sie den Tod vieler Menschen durch das Tiberium mit ansehen musste. Von daher hat sie entschlossen, es zu bekämpfen. Das ZOCOM hat es sich zur Aufgabe gemacht, Brückenköpfe in den roten Zonen zu errichten. Viele erachten es als sinnlos, in diesen vom Tiberium verseuchten Gebieten Fuß fassen zu wollen, doch manche betrachten es auch als Herausforderung, die angenommen werden muss. Der Trupp ist in der Lage, es mit jedem Angriff aufzunehmen, um dann den geschwächten Gegner zu überwältigen. In der Defensive ist man schlichtweg unschlagbar. Die Soldaten des Kommandos sind schwer gepanzert, um vor dem Tiberium geschützt zu sein und man setzt auf experimentelle Schall-Technologie, wie den Shatterer oder die Zone Raider.
Kanes Jünger
Die Jünger Kanes sind eine Unterfraktion der Bruderschaft von Nod. Diese Einheit ist das letzte Überbleibsel der Tiberiumexperimente im zweiten Tiberiumkrieg. Sie sind die fanatischsten Anhänger Kanes und nehmen dabei absolut keine Rücksicht auf die Menschlichkeit. Mit durch Tiberiumexperimente verstümmelten Cyborgs treten sie in die Schlacht und setzen daneben auf die durch Kane gebrachte Tarntechnologie.
Schwarze Hand
Die Schwarze Hand ist eine Unterfraktion der Bruderschaft von Nod. Die Schwarze Hand wurde bereits am Ende des ersten Tiberiumkrieges ins Leben gerufen und fungierte fortan als Sondereinsatzkommando der Bruderschaft von Nod. Zu Beginn des dritten Tiberiumkrieges befindet sie sich unter der Führung von Marcion, einem einst treuen Jünger Kanes, welcher nun aber seine Chance sieht, sich selbst in den Vordergrund zu bringen. Die Schwarze Hand verzichtet im dritten Tiberiumkrieg völlig auf die Tanrtechnologie und gleicht dies durch Feuerkraft, und furchterregenden Flammenwaffen wieder aus.
Traveler-59
Die Traveler-59 sind eine Unterfraktion der Scrin. Diese Spezialeinheit der außerirdischen Invasoren setzt verstärkt auf Gedankenkontrolle und Zeitmanipulation. Sie verlassen sich weniger auf brachiale Gewalt, als viel mehr auf ihre geistigen Fähigkeiten, um feindliche Einheiten zu manipulieren und zu kontrollieren. Daneben sind sie auch in der Lage, Zeitkrümmungen zu beherrschen und ihre Truppen dadurch sehr schnell zu verlegen.
Reaper-17
Die Reaper-17 sind eine Unterfraktion der Scrin. Diese Spezialeinheit der außerirdischen Invasoren hat eine ungleich höhere Affinität zum Tiberium, als die normalen Scrin. Sie stellen eine Kreuzung der normalen Invasoren mit dem Tiberium dar, was ihre Einheiten und Waffen noch deutlich gefährlicher machen. Außerdem verfügen sie über Schildgeneratoren, welche den Großteil ihrer Kriegsmaschinerie vor direkten Beschuss schützt – zumindest eine Zeit lang.