Die Operation Black Dawn findet auf einer abgelegenen Insel im schwarzen Meer statt, einer Insel, welche von der rebellischen Bruderschaft von Nod in eine Bastion des Terrors verwandelt wurde. Wie die Satelitenbilder verrieten, ist diese Militärbasis der Bruderschaft mit schweren Verteidigungsanlagen bestückt. Neben automatischen Geschütztürmen an allen Küstenstreifen, patroullieren Nod Truppen Tag und Nacht auf der Insel herum. Es wird weiterhin vermutet, dass Nod Zugriff auf weitreichende Flugabwehr-Stellungen besitzt, dies konnte jedoch aufgrund der dichten Wälder nicht abschließend verifiziert werden.
Derweil wurden Dr. Ignatio Möbius bei einer Forschungsreise zum Tiber, dem Ursprung des Tiberiums, von Aufständischen Nod-Elite-Truppen entführt und befinden sich nun in der Gewalt der „Schwarzen Hand“.
Die Verteidigungsorganisation der Vereinten Nationen, die militärische Gruppierung der GDI (Globale Defensiv Initiative) ist auf den Schutz der Weltordnung und der Wahrung des internationalen Friedens eingeschworen und beauftragt worden eine geheime Marineoperation durchzuführen. Wie aus Geheimdienstkreisen der GDI zu erfahren war befanden sich die beiden Forscher und einige weitere Gefangene noch vor Kurzem auf einem Schiff in Richtung Albanien bevor sie mit einer C-130 Maschine der Bruderschaft zur Festung von Nod auf der Insel im schwarzen Meer transportiert wurden.
Dr. Ignatio Möbius ist eine Koryphäe auf dem Gebiet der Tiberium-Forschung und so eine extrem wichtige und wertvolle Figur für die Kriegspartei, die ihn hat. Nur er ist in der Lage das Wachstum des Tiberiums zu stoppen und die Welt vor dessen zerstörerischer Replikation zu retten. Dr. Möbius muss gerettet werden.
Ziel der Operation „Black Dawn“ ist die Vernichtung der Nod Festung im schwarzen Meer und die unversehrte Rettung der Wissenschaftler. Zwei GDI Bataillone wurde entsandt, um von der östlichen- und südlichen Küste der Insel aus, die Mission zu erfüllen. Während das östliche Bataillon die Ablenkung der Nod Truppen verantworten soll, kümmert sich die Kommandoeinheit am südlichen Strand um die Infiltrierung der Basis zur Rettung der Wissenschaftler mit Unterstützung von Boden- und Lufteinheiten.
Diese Kommandoeinheit wird von Nick – Havoc – Parker geleitet. Nick wuchs in Allentown, Pennsylvania auf und trat bereits in jungen Jahren den US Marine Corps bei. Schnell fiel er durch seine kompromisslose Haltung und sein ausgeprägtes Ego auf, was ihn unter seinen Vorgesetzten zu einem sehr ungeliebten Zeitgenosse gemacht hat. Seine Dienste waren oft unkonventionell doch effektiv, was ihn schnell zu einem PR-Alptraum für die US-Marines werden ließ.
Aufgrund seiner leidenschaftlichen Hingabe und sein Wissen über die Bedienung moderner Waffentechnologien wurde er von der GDI rekrutiert. Er wurde dem GDI Elite Kommando DEAD 6 unterstellt. Nachdem auslaugenden Einsatz der Einheit im nördlichen Ägypten gegen die Bruderschaft von Nod wurde Nick aus der Einheit jedoch entlassen und begann seine eigenen Missionen zur Bekämpfung der Bruderschaft von Nod durchzuziehen – stand jedoch offiziell stets unter der Befehlsverantwortung der GDI.
In der Operation Black Dawn übernehmt ihr die Rolle von Nick und kämpft an der Seite zweier alter Freunde aus der Kommandoeinheit DEAD 6 und gemeinsam mit einigen weiteren bekannten Gesichtern.